含有染色体长的文件chr_len.txt

chr1 10

chr2 20

chr3 30

chr4 40

chr5 50

python脚本

#传递命令行参数

import sys # 导入模块

# 从命令行获取文件名称

f_chr_len = sys.argv[1] # 定义命令行参数，1表示变量1

# 打开文件 open('文件路径')

f = open(f_chr_len)

# 逐行读取

total_len = 0

lines = f.readlines() # 是一个列表

for line in lines:

line = line.strip () # 字符串.strip()意思是去掉末尾的\n换行符

print(line)

chr_len = line.split(' ') # splint是按照特定的字符对字符串进行分割，返回值为数组

print(chr_len)

total_len += int(chr_len[1])

# 输出结果

print(total_len)

 

命令行输入

python fasta_stat5.py chr_len.txt